El archipiélago de San Juan se asienta sobre una cordillera sumergida donde el Estrecho de Juan de Fuca se encuentra con el Mar de los Salish, creando un corredor rico en nutrientes que sustenta a tres grupos de orcas residentes (J, K y L), que sumaban aproximadamente ochenta individuos en 2026.
Estas orcas asesinas residentes del sur, genéticamente distintas de las orcas transitorias, han ocupado estas aguas durante al menos diez mil años, con patrones de alimentación mapeados según las migraciones del salmón Chinook a través del Estrecho de Haro y el Paso Boundary. Las 172 islas con nombre del archipiélago, de las cuales solo cuatro son accesibles por ferry estatal, forman un laberinto de bosques de algas, corrientes de marea y costas de basalto donde los leones marinos de Steller se congregan en colonias que superan los trescientos animales durante la temporada de cría.
Las expediciones de tours de avistamiento de ballenas en kayak en las Islas San Juan parten de Anacortes, Friday Harbor y Roche Harbor entre mayo y octubre, cuando los avistamientos de orcas alcanzan su punto máximo en el setenta y ocho por ciento de los viajes según datos del Departamento de Pesca y Vida Silvestre de Washington. El Parque Estatal Lime Kiln Point en la costa occidental de la Isla San Juan sigue siendo el único parque de observación de ballenas en tierra en América del Norte, con su promontorio rocoso posicionado directamente a lo largo de la ruta principal de búsqueda de alimento de las orcas. Los kayakistas salen de calas protegidas (Bahía Mitchell, Bahía Garrison, Deer Harbor), remando a través de praderas de pastos marinos donde las focas comunes amamantan a sus crías y las águilas calvas anidan en las copas de los abetos de Douglas a sesenta metros de altura. La posición del archipiélago dentro de la sombra de lluvia de las Montañas Olímpicas produce un microclima semiárido con una precipitación anual promedio de solo cuarenta y seis centímetros, menos de la mitad que la de Seattle, noventa kilómetros al sur.
Las expediciones guiadas de vida silvestre en kayak navegan corrientes de marea que alcanzan los cuatro nudos durante los intercambios de primavera, programando las salidas para coincidir con las ventanas de aguas tranquilas cuando los remeros pueden acercarse a los lechos de algas donde las nutrias marinas, reintroducidas en la década de 1970, rompen erizos sobre sus pechos. Las marsopas de Dall emergen en supergrupos de doscientos animales, y sus exhibiciones al nadar en la proa son visibles desde kayaks dobles estabilizados por vigas de dieciocho pulgadas. Las ballenas minke, las ballenas grises en sus migraciones hacia el norte y las ballenas jorobadas catalogadas por el Cascadia Research Collective transitan todas estas aguas, con sus soplos visibles a tres kilómetros de distancia en mañanas tranquilas. Los guías naturalistas llevan hidrófonos para amplificar los clics de ecolocalización de las orcas: el dialecto S1 de las residentes del sur, sin cambios a través de generaciones, distinto de los repertorios de llamadas de las residentes del norte y las transitorias documentados por la Universidad de Columbia Británica desde 1973.
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