L'arcipelago di San Juan si trova sopra una catena montuosa sommersa dove lo Stretto di Juan de Fuca incontra il Mare dei Salish, creando un corridoio ricco di nutrienti che sostiene tre baccelli di orche residenti — J, K e L — che contano circa ottanta individui al 2026.
Queste orche residenti del sud, geneticamente distinte dalle orche transitorie, occupano queste acque da almeno diecimila anni, con i loro modelli di alimentazione mappati sulle migrazioni del salmone Chinook attraverso lo stretto di Haro e il Boundary Pass. Le 172 isole nominate dell'arcipelago, solo quattro delle quali accessibili tramite traghetto statale, formano un labirinto di foreste di alghe, correnti di marea e coste basaltiche dove i leoni marini di Steller si radunano in colonie che superano i trecento animali durante la stagione del parto.
Le spedizioni in kayak per l'avvistamento delle balene alle San Juan Islands partono da Anacortes, Friday Harbor e Roche Harbor tra maggio e ottobre, quando gli avvistamenti di orche raggiungono il picco nel settantotto percento dei viaggi secondo i dati del Washington Department of Fish and Wildlife. Il Lime Kiln Point State Park sulla costa occidentale dell'isola di San Juan rimane l'unico parco per l'osservazione delle balene basato su terraferma in Nord America, il suo promontorio roccioso posizionato direttamente lungo la principale rotta di foraggiamento delle orche. I kayakisti partono da baie protette — Mitchell Bay, Garrison Bay, Deer Harbor — pagaiando attraverso prati di zostera dove le foche comuni allattano i cuccioli e le aquile calve nidificano nelle cime degli abeti di Douglas sessanta metri più in alto. La posizione dell'arcipelago all'interno dell'ombra pluviometrica delle Olympic Mountains produce un microclima semi-arido con precipitazioni annuali medie di soli quarantasei centimetri, meno della metà di quelle di Seattle novanta chilometri a sud.
Le spedizioni naturalistiche guidate in kayak navigano correnti di marea che raggiungono i quattro nodi durante gli scambi primaverili, programmando le partenze nelle finestre di marea stanca quando i pagaiatori possono avvicinarsi ai letti di alghe dove le lontre marine, reintrodotte negli anni '70, rompono i ricci sul petto. Le focene di Dall emergono in super-branchi di duecento animali, le loro esibizioni di bow-riding visibili da kayak doppi stabilizzati da bilancieri da diciotto pollici. Balenottere minori, balene grigie in migrazione verso nord e megattere catalogate dal Cascadia Research Collective transitano tutte in queste acque, i loro soffi visibili a tre chilometri di distanza nelle mattine calme. Le guide naturaliste trasportano idrofoni per amplificare i clic di ecolocalizzazione delle orche — il dialetto S1 delle residenti del sud, immutato attraverso le generazioni, distinto dai repertori di richiamo delle residenti del nord e delle transitorie documentati dall'Università della British Columbia dal 1973.
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