Les populations d'orques résidentes du sud — J, K et L — retournent dans la mer des Salish chaque printemps, suivant les remontées de saumons Chinook à travers le détroit de Haro et Boundary Pass.
Ces trois groupes familiaux, comptant moins de soixante-quinze individus, occupent ces eaux depuis des millénaires, leur survie dépendant désormais du rétablissement des saumons et de la gestion du trafic maritime. Des orques transientes, des marsouins communs, des marsouins de Dall et des otaries de Steller occupent les mêmes chenaux toute l'année, tandis que les baleines grises migrent en mars et avril, et que les baleines à bosse arrivent chaque été, avec des effectifs en hausse depuis le milieu des années 1990.
L'archipel se situe à cent cinquante kilomètres au nord de Seattle, accessible par ferry depuis Anacortes ou par bateau privé depuis les marinas du Puget Sound. La plupart des opérations commerciales d'observation des baleines partent d'Anacortes, de Friday Harbor ou de Deer Harbor, bien qu'un nombre croissant de voyagistes propose désormais des départs directs d'Edmonds et de Seattle, supprimant ainsi le transfert par ferry. Ces excursions au départ de Seattle fonctionnent généralement comme des expéditions à la journée, combinant le passage intérieur à travers Possession Sound et le détroit de Rosario avec trois à quatre heures de recherche active de baleines près du côté ouest de l'île San Juan, où les orques sont le plus fréquemment observées entre mai et octobre.
Les naturalistes à bord de ces navires surveillent les réseaux d'hydrophones et se coordonnent avec d'autres bateaux pour localiser les baleines tout en respectant la zone tampon légale de cent yards établie par les réglementations fédérales sur la protection des mammifères marins. Les bateaux eux-mêmes vont des Zodiacs rapides transportant douze passagers aux croiseurs diesel de vingt mètres avec cabines chauffées et ponts d'observation supérieurs. Les heures de départ se situent entre huit et neuf heures du matin, lorsque les échanges de marées sont les plus forts et que l'activité marine est à son comble. Les observations ne sont jamais garanties — l'observation des baleines reste un exercice de patience, d'interprétation météorologique et de connaissances écologiques — mais les taux de rencontre de mai à septembre dépassent quatre-vingt-cinq pour cent sur la plupart des itinéraires.
L'observation des baleines aux îles San Juan au départ de Seattle représente l'une des rares occasions aux États-Unis continentaux d'observer des orques sauvages dans leur habitat natal, une distinction qui attire biologistes marins, photographes et familles prêtes à consacrer six à huit heures à cette quête. L'expérience dépend moins de la proximité que de la durée : le temps passé à regarder un groupe faire surface, respirer, plonger et refaire surface dans un rythme coordonné, leurs nageoires dorsales coupant l'eau selon des motifs transmis à travers les générations.
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